Seit einigen Jahren kooperiert die Gartenkirche mit der Neustädter Hof- und Stadtkirche im Bereich der Arbeit mit Kindern und Jugendlichen.
Insbesondere der Konfirmandenunterricht wird für beide Kirchengemeinden gemeinsam von der Gartenkirche durchgeführt.
Seit vielen, vielen Jahren ist die Iraner Seelsorge der Ev.-luth. Landeskirche Hannovers räumlich in der Gartenkirche beheimatet. Hier finden seit jeher Taufseminare und spezielle Gottesdienste für Menschen aus dem persischen Kulturkreis statt. Die Betreuung obliegt den von der Landeskirche mit der Iraner-Seelsorge beauftragten Pfarrern und Ehrenamtlichen.
Seit 2015, mit dem Beginn der Projektarbeit der Kirchengemeinde in der Flüchtlings- und Integrationsarbeit, arbeitet die Gartenkirche auch inhaltlich und organisatorisch eng mit der landeskirchlichen Einrichtung zusammen.
Seit mehreren Jahren findet als Angebot des landeskirchlichen Dienstes in der Arbeitswelt ein Mal im Monat Mittagsandacht in der Gartenkirche ("Atempause") statt.
Die Gartenkirche gehört neben der Marktkirche, der Neustädter Hof- und Stadtkirche, der Christuskirche u. a. zum Kreis der Citykirchen im Stadtkirchenverband Hannover.
Die Gartenkirche ist Mitglied im Trägerverein der Bahnhofsmission.
Die Gartenkirche ist Mitglied im Trägerverein der Ev. Familienbildungsstätte.