Nachdem die erste Orgel im Zweiten Weltkrieg vollständig zerstört worden war und die Sanierungsarbeiten im Jahr 1952 noch nicht so weit gediehen waren, dass eine Aufstellung auf der Westseite möglich gewesen wäre, baute Paul Ott, Göttingen, das neue Instrument auf der Nordempore über Eck bis in den vordersten Spitzbogen hinein.
Dieser Standort wurde aus vermeintlich akustischen und theologischen Gründen bevorzugt. Die Orgel sollte damit einen Gegenpol zur Kanzel darstellen. Nach den drei Bauabschnitten 1952, 1955 und 1966 war der Orgelbau mit 58 Registern auf vier Manualen und Pedal abgeschlossen. In seiner architektonischen, technischen und klanglichen Substanz blieb die Orgel bis zum Beginn der Kirchenrenovierung im Jahr 2002 unverändert geblieben.
Im Zuge der Renovierung wurde die Orgel von Franz Rietzsch, Hiddestorf, in zwei Instrumente geteilt. Das Rückposititv, jetzt Chororgel, ist das Meisterstück von Jürgen Ahrend und wird über einen fahrbaren Spieltisch per Funk zum Klingen gebracht.
Alle anderen Werke wurden auf der erneuerten Westempore – jetzt in einem vollständigen Gehäuse – zur Hauptorgel vereinigt. Die gesamte Orgelanlage verfügt jetzt über 60 klingende Register. Sie besitzt eine mechanische Spieltraktur und zur Spielerleichterung eine elektrische Koppelanlage. Auch von der Hauptorgel aus kann die Chororgel über ein Kabel elektrisch angespielt werden.
