Die 1960 von Ruth Margraf entworfenen und von Heinrich Mühlenbein ausgeführten Glasfenster lassen mit ihren Blautönen den Chorraum in einem besonderen Licht erstrahlen. Dargestellt sind "Jesu Seewandel", "Der barmherzige Vater und der verlorene Sohn" und "Der barmherzige Samariter".
Die Rose über dem Nordportal, ebenfalls ein Werk Ruth Margrafs und von Heinrich Mühlenbein ausgeführt, zeigt Szenen aus dem Einzug Jesu in Jerusalem.
Die Wappen der ersten acht Tochtergemeinden der Gartenkirche sind im Maßwerk der Langhausfenster dargestellt.
Namen und Symbole der vier Evangelisten schmücken die südliche Rose, die Heinrich Mühlenbein gefertigt hat. Von ihm stammt auch das Fenster über dem Taufstein mit der Taufe Christi und der Dreifaltigkeit.
Das vom Kunstmaler Bitsch entworfene Westfenster im Turm mit der Vertreibung aus dem Paradies und dem Christus Imperator ist nach dem Einbau der Orgel auf der Westempore nur noch von außen sichtbar.
